Pengadilan Negeri Wamena dibentuk dan berdiri pada tahun 1981 dan berkedudukan di Kabupaten Jayawijaya di Wilayah Provinsi Irian Barat dan sekarang disebut Provinsi Papua.
Adapun pembangunan Gedung sesuai prototype Mahkamah Agung RI, maka pada 22 Mei tahun 2013 Gedung baru kantor Pengadilan Negeri Wamena diresmikan oleh YM Bapak DR. H.M Hatta Ali, S.H, M.H. Pengadilan Negeri Wamena merupakan salah satu pelaksana Kekuasaan Kehakiman khususnya dalam bidang Penyelenggaraan Peradilan di tingkat pertama di Kabupaten Jayawijaya pada Provinsi Papua. Sejak berlakunya kebijakan otonomi khusus bagi Provinsi Papua yang mana Kabupaten Jayawijaya mengalami pemekaran daerah.
Lembaga Peradilan sebagai salah satu pilar demokrasi dituntut untuk mengambil peran dalam konteks ini yakni Pengadilan Negeri Wamena selaku Kawal Depan (Voorpost) Mahkamah Agung RI akan mengadakan kebijakan program yang diwujudkan dalam misi dan visi dalam mengemban tugas dan menjawab tantangan beban kerja yang semakin berat.
Sedangkan wilayah hukum Pengadilan Negeri Wamena meliputi 8 (delapan) Kabupaten pemekaran dalam wilayah hukum Pengadilan Negeri Wamena adalah :
- Kabupaten Jayawijaya
- Kabupaten Lanijaya
- Kabupaten Nduga
- Kabupaten Tolikara
- Kabupaten Yalimo
- Kabupaten Yahukimo
- Kabupaten Membramo Tengah
- Kabupaten Pegunungan Bintang